El programa de maestría académica forma especialistas en investigación y desarrollo, cuyo conocimiento se aplica en la gestión integrada de los recursos hídricos en el contexto territorial de cuencas hidrográficas y la diplomacia del agua; de tal manera que los graduados se conviertan en agentes de cambio con visión holística para apoyar procesos locales, nacionales y transfronterizos. Además, la formación recibida les permite fomentar procesos participativos y de cooperación internacional que deriven en la conservación y protección del recurso hídrico.